สืบเนื่องจากสถานที่เรียนไม่เพียงพอ ที่จะรองรับนักเรียน และปัญหาเรื่อง การจราจรในตัวเมืองจังหวัด ฉะเชิงเทรา มีสภาพหนาแน่นแออัดเพิ่มขึ้นทุกวัน ต่อมาเมื่อกลางปีพุทธศักราช 2532 นายเผดิม สุวรรณโพธิ์ ผู้อำนวยการโรงเรียน เบญจมราชรังสฤษฏิ์ สมัยนั้นได้รับอบหมายจาก ดร.โกวิท วรพิพัฒน์ อธิบดีกรมสามัญ ศึกษาให้หาที่ดินเพื่อจัดตั้ง โรงเรียน มัธยมศึกษาแห่งใหม่ ดังนั้นจึงได้นำเรื่องดังกล่าวข้างต้นเข้าหารือกับ พระครูพิพัฒน์วัชรคุณ เจ้าอาวาสวัดสุวรรณาราม (ดอนทอง) และนายวิโรจน์ ศรีโภคา ผู้อำนวยการโรงเรียน วัดดอนทอง การปรึกษาหารือได้ขยายผลก้าวหน้าในเวลาต่อมา จนกระทั่งปลายปีพุทธศักราช 2532 พระครู พิพัฒน์วัชรคุณ ได้มอบที่ธรณีสงฆ์ จำนวน 20 ไร่ 1 งาน 15 ตารางวา ให้แก่ กรมสามัญศึกษา เพื่อจัดตั้ง โรงเรียนมัธยม โดยมีจุดประสงค์ให้บุตรหลานของชาวตำบลแห่งนี้และใกล้เคียง ได้เรียนหนังสือ ในโรงเรียน ที่อยู่ใกล้บ้าน สามารถเดินทางไปกลับ สะดวก ประหยัดค่าใช้จ่าย พร้อมทั้งเป็นการ แก้ปัญหาความแออัด ใน ตัวเมืองอีกด้วยสำหรับการเปิดโรงเรียนมัธยมแห่งใหม่นี้ ดร.โกวิท วรพิพัฒน์ ได้มีเป้าหมายมุมมอง ไปยังโรงเรียนเบญจม ราชรังสฤษฏิ์ โดยเห็นว่าเป็นโรงเรียนเก่าแก่และมีชื่อเสียง อีกทั้งเป็นที่เชื่อถือศรัทธาของ ประชาชน โดย ทั่วไป และที่สำคัญ คือ มีความพร้อมทุกด้านที่จะเกื้อกูลสนับสนุนสถานศึกษาแห่งใหม่นี้ ให้เจริญก้าวหน้า ได้ต่อไป
ในปีการศึกษา 2533 นายเผดิม สุวรรณโพธิ์ จึงสนองนโยบายของทางราชการทันที โดยวางแผนเปิด โรงเรียนแห่งนี้เป็น สาขาของโรงเรียนเบญจมราชรังสฤษฏิ์ เปิดทำการเรียนการสอนเมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม 2533 โดยกำหนดรับนักเรียน 4 ห้องเรียน จำนวน 201 คน และได้รับความอนุเคราะห์ อาคารเรียนจาก โรงเรียนวัดดอนทองเป็นสถานที่ ทำการเรียนการสอน มีครู-อาจารย์ จำนวนหนึ่ง จากโรงเรียนเบญจมราช รังสฤษฏิ์ มาช่วยสอนและได้มอบหมายให้ นายชาตรี ศิวรานนท์ เป็น หัวหน้าสาขาแห่งนี้ การเรียนการสอน เป็นไปด้วยความเรียบร้อยและมีประสิทธิภาพ ทั้งนี้ได้ยึดรูปแบบ การบริหารและระบบ งานของโรงเรียน เบญจมราชรังสฤษฏิ์ ทั้งสิ้น
ต่อมาเมื่อวันที่ 21 พฤษภาคม 2534 กระทรวงศึกษาธิการประกาศจัดตั้งโรงเรียนมัธยมแห่งนี้ โดยใช้ ชื่อว่าโรงเรียน "เบญจมราชรังสฤษฏิ์ 2" และให้ นายอร่าม รังสินธุ์ ผู้อำนวยการโรงเรียนเบญจมราช รังสฤษฏิ์ สมัยนั้น ทำหน้าที่รักษาการ ในตำแหน่งผู้บริหารโรงเรียนแห่งนี้ด้วยเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พุทธศักราช 2534 กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้ง นายชาตรี ศิวรานนท์ ให้รักษาการในตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ และได้ดำรง ตำแหน่งผู้บริหารสถานศึกษาแห่งนี้เรื่อยมาต่อมาเมื่อปลายปี 2536 ได้ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการจนถึงวันที่ 8 พฤศจิกายน 2543
ในปีการศึกษา 2536 กรมสามัญศึกษา ได้อนุมัติเงินงบประมาณ จำนวน 59,306,000 บาท เพื่อใช้ในการ ก่อสร้างอาคาร เรียน และอาคารประกอบการก่อสร้างได้ดำเนินการแล้วเสร็จ เมื่อวันที่ 19 พฤษภาคม 2538 ต่อมา นางสาลี เกฅษมรัติ ผู้อำนวยการ โรงเรียนพานทองสภาชนูปถัมภ์ รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน
เบญจมราชรังสฤษฏิ์ 2 ตามคำสั่ง กรมสามัญศึกษาที่ 1702/2543 ลงวันที่ 12 ตุลาคม 2543 ตั้งแต่วันที่ 9 พฤศจิกายน 2543 ปัจจุบัน นางสาลี เกษมรัติ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเบญจมราชรังสฤษฏิ์ 2
ตามคำสั่ง กรมสามัญศึกษา ที่ 880/2544 สั่ง ณ วันที่ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2544 ในปีการศึกษา 2546 โรงเรียน เบญจมราชรังสฤษฏิ์ 2 ได้รับการอนุมัติให้ ดำเนินการ จัดการเรียนการสอนตามหลักสูตร กระทรวงศึกษาธิการ โดยใช้ภาษาอังกฤษเป็นสื่อ